HSSFSheet sheet = ...
for (int i = 0; i < sheet.getNumMergedRegions(); i++) {//結合されたセルのインデックスを取得
// CellRangeAddress getMergedRegion(int index)
// CellRangeAddress mergedRegionCells = sheet.getMergedRegion(i); //結合されたセルを取得
sheet.removeMergedRegion(i); //セル結合の解除
}